起源
现发现最古老的日本人人骨、大约属于2万年前至3万年前的冰河期时代。一般认为绳文人最早于冰河期时代到达日本列岛。
由绳文人人骨中采集遗传因子与世界各地的对象比较,与西伯利亚北部的先住民最为相近(但也有南方基因)。冰河期之前的西伯利亚北部气候温暖,有大型动物、草木生长,进冰河期时代以后则再找不到人类生活的痕迹。西伯利亚特有的石器如楔形石核的遗迹被发现于西伯利亚北部、库页岛、北海道、与日本列岛等地如弧型分布,故一般认为是于冰河期由西伯利亚北部经库页岛、北海道、再进入日本列岛居住。
冰河期时代的北海被冰所覆盖,于库页岛、北海道、日本列岛间进行移动明显是可行的。
另外,由渡过南海而来的南岛语族与越人、西南夷,把中国长江下流域开始的照叶树林文化(烧垦文化)与水稻带来(日本人鸟越宪三郎认为倭人来自云南傣族、彝族、哈尼族、诹访春雄认为倭人是越人一支)。
20,000年前冰河时期的日本
其后,绳文末期、弥生时代开始,有由中国大陆与朝鲜方面移居日本列岛的新蒙古人种(弥生人)。关西一帯日本人多数是弥生人后人,关东是绳文人(老蒙古人种)后人,他们不断反复混血形成日本人。和人的体质与语言是在公元前400年形成,但真正定型是在十二世纪虾夷人投降后为止。现代日本人是在幕府被推翻后才真正出现(之前日本人只认自己是藩的成员)